据李治安的研究，宣慰司的第二阶段是1264年一1278年，是临时处理军政事务机构。

这一时期蒙元的行省尚未定制，宣慰司常常与行省迭为废立，职能互相交叉，甚至互为替代。这是因为蒙元侵略中国灭亡宋朝的过程中，以荆湖行省和江淮行省为侵略主力，辅以诸路宣慰司，对南方实施军政合一的统治。

故，蒙元1276年攻陷南宋，便在南宋领土内广泛设置宣慰司，1278年三月，元朝在原南宋错境先后设置浙东道、渐西道、江西道、江东道、湖北道、淮西道、淮东道，荆湖北道、湖南道、广西道、福建道、黄州道共十二道宣慰司。

1279年正月，蒙元「分川蜀为四道：以成都等路为四川西道，广元等路为四川北道，重庆等路为四川南道，顺庆等路为四川东道，并立宣慰司」。此时，宣慰司性质为辅助行省或在行省尚未完全健全时作为临时处理军政事务机构，在南宋南方诸路为基础上设置宣慰司。

蒙元在南方大规模设置宣慰司的同时，还进行着行省的行政区划建设，1276年确定「其立行省者，不立宣慰司」。据李治安研究，从1282年到1303年，内地宣慰司大量被罢废。

反映蒙元前期的行政区划设置的《大元混一方舆胜览》所载宣慰司基本上是至元末年所存宣慰司的情况，共计有河东山西道宣慰司、山东东西道宣慰司、辽东道宣慰司、四川南道宣慰司、叙永等处宣慰司、淮东道宣慰司、荆湖北道宣慰司、罗罗斯宣慰司、乌撒乌蒙等处宣慰司、曲靖道宣慰司、临安道宣慰司、大理金齿等处宜慰司都元帅府、浙东道宣慰司、江东道宣慰司、福建道宣慰使司都元帅府、广东道宣慰司都元帅府、八番顺元宣慰司、八番罗甸宣慰司、湖南道宣慰司、广西两江道宣慰使司都元帅府、淮北淮南道宣慰司等21个宣慰司。

蒙元第二阶段宣慰司体制是与蒙元行省制度的探索、创行并存的时期，宣慰司设置遍布南北方广大地区。

蒙元第三阶段宣慰司的设置具有向边疆演化的特征，时间为1278年一1367年，以《元史·百官七》的记载最为明晰：

宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县，行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省。有边陲军旅之事，则兼都元帅府，其次则止为元帅府。其在远服，又有招讨、安抚、宣抚等使，品秩员数，各有差等。

宣慰使司，秩从二品。每司宣慰使三员，从二品；同知一员，从三品；副使一员，正四品；经历一员，从六品；都事一员，从七品；照磨兼架阁管勾一员，正九品。凡六道：山东东西道，益都路置。河东山西道，大同路置。淮东道，扬州置。浙东道，庆元路置。荆湖北道，中兴路置。湖南道，天临路置。

宣慰使司都元帅府，秩从二品，使三员，同知二员，副使二员，经历二员，知事二员，照磨兼架阁管勾一员。

宣慰使兼管军万户府，每府宣慰使三员，同知、副使各一员，经历一员，都事二员，照磨兼管勾一员。曲靖等路，罗罗斯，临安广西道元江等处。

据上述史料记载有宣慰司17个。此后，1331年在云南行省置八百等处宣慰司都元帅府，1342年夏四月己酉罢云南行省蒙庆宣慰司都元帅府，并入八百等处宣慰司都元帅府。

蒙元还有在湖广行省播州（今遵义地区）设置「沿边溪洞宣慰使司」。1343年「秋七月戊寅，立永昌等处宣慰司」。故元末共有19个宣慰司，可分为两种类型，第一种类型是普通宣慰司，第二种类型为边疆型宣慰司。

所谓普通宜慰司，其职能乃「宣慰司，掌军民之务，分道以总郡县，行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省」。仅具有行省与郡县间转承机构的性质，这类宣慰司全国「凡六道：山东东西道，益都路置。河东山西道，大同路置。淮东道，扬州置。浙东道，庆元路置。荆湖北道，中兴路置。湖南道，天临路置。」

山东东西道宣慰司属中书省，为中书省设在今山东省东部「分道以总郡县」的「转承」机构；河东山西道宣慰司也属中书省，分道总管今山西省大同市地区；准东道宣慰司，属河南行省，分道治理今江苏省北部地区；浙东道宣慰司属江浙行省，代替行省分治今浙江地区；荆湖北道宣慰司属河南行省，分治今湖北省中西部；湖南道宣慰司属湖广行省，分治区域为今湖南地区。

据此，根据六道普通宣慰司的地理区位考察，它们均置于内地行省，分治距离行省会城较远的地区，是「分道以总郡县」的转承机构。因内地已少有战事，故六道普通宜慰司职能仅为「行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省」，宣慰使不加都元帅或管军万户等军事职衔，也无军事职能。

所谓边疆宣慰司，设于「有边陲军旅之事」的边疆地区，除了具有内地普通宣慰司的职能外，宣慰使「则兼都元帅府」或「管军万户府」者，有很强的军事职能。这类宣慰司共14个：大理金齿等处宣慰使司都元帅府、永昌等处宣慰司都元帅府、曲靖等路宣慰司军民万户府、罗罗斯宣慰使司兼管军万户府、乌撒乌蒙宣慰司兼管军万户府、临安广西道元江等处宣慰使司兼管军万户府，蒙庆等处宣慰使司都元帅府、广西两江道宣慰使司都元帅府、八番顺元等处宣慰司都元帅府、沿边洞溪宣慰司都元帅府、广东道宣慰使司都元帅府、海北海南道宣慰使司都元帅府、福建道宜慰使司都元帅府、察罕脑兒宣慰使司都元帅府。

从地理区位考察，除察罕脑兒宣慰司都元帅府等在北方沿边地区外，其余12个边照宣慰司都设置于蒙元南部沿海边疆和西南边疆地区。

其中，沿海边疆宣慰司都元帅府3个：广东道宣慰使司都元帅府、海北海南道宣慰使司都元帅府、福建道宣慰使司都元帅府，管控地域包括蒙元的整个东南和南部沿海地区。

其余9个宣慰司集中设置于西南边疆地区。西南边疆地区成为蒙元宣慰司设置最集中的区域，而且西南边疆的宣慰司均具有军事职能，即宣慰使兼都元帅或兼管军万户，突出地表现了军管性特点。

由此可见，从地缘基础看蒙元中后期宣慰司向西南边疆和南部沿海地区转移，呈现出边疆演化的特点。如若再进行地域分析，可看到蒙元中后期的西南边疆宣慰司设置地域有两大特点：

一是位于唐宋的西南边疆羁縻统治地带，原本是唐、宋朝的边陲，蒙元攻克西南地区以后，已经处于蒙元版图的内部，但仍具有边陲的性质，虽不在蒙元疆域的边境前沿地区，但是在蒙元视野里依然是边陲地带，该区域为唐宋时期正式政区之外在西南边疆设置羁骤州县的「西南诸蛮夷，重山复岭，杂厕荆、楚、巴、黔、巫中，四面皆王土」的「沿边溪洞蛮夷」地区，蒙元在改变唐宋以来对这些地区的羁案统治为直接治理的同时，加强军事管控，设置八番顺元等处宣慰使司都元帅府、曲靖等路宜慰司军民万户府、罗罗斯宜慰使司兼管军万户府、乌撒乌蒙宜慰司兼管军万户府、临安广西道元江等处宣慰使司兼管军万户府、播州沿边洞溪宣慰司都元帅府等6个宣慰司，分布于湖广行省和云南行省，也具有边疆性。

二是直接设置于蒙元西南边疆与域外国家接壤的疆域开拓前沿地带，如大理金齿等处宣慰使司都元帅府、蒙庆等处宣慰使司都元帅府处于云南行省与缅国、暹罗等国接壤的边境地区，广西两江道宣慰使司都元师府位于广西与安南国接壤边境地区，这3个宣慰司都元帅府有十分鲜明的边陲性，具有镇戍边境和开疆拓土的功能。

明代在少数民族地区普遍设置的宣慰司和宣抚司，是在取消蒙元时期内地宣慰使、宣抚使的基础上形成的，进而成为专门针对少数民族地区的管理机构。

宣慰司、宣抚司设置经常变化，终明之世，「土官宣慰司十有一，宣抚司十，安抚司二十有二，招讨司一，长官司一百六十有九，蛮夷长官司五」这是明朝灭亡前最后的数字，其间或改或废，经历了多次变革。对明朝先后设立的宣慰、宣抚司，以布政司为单位进行归纳整理，则可以看出变革的痕迹。

其一，湖广承宣布政使司的少数民族数量较少，且多集中在湖广西部地区。明朝先后设有宣慰司二，宣抚司四：

其二，四川承宣布政使司境内少数民族分布比较集中，而且各据一方。明朝统治期间先后设有宣慰司三，宣抚司二。

其三，云南承宣布政使司各少数民族杂居，因此宣慰司、宣抚司的设置数量都比较多，而所谓的「云南六慰」，不但有较大的自治权，往往也反映朝廷控制能力的盛衰。

其四，贵州承宣布政使司于永乐年间才开始设置，但是其境内贵州宣慰司在洪武四年(1371)已经设立。思州宣抚司和思南道宣慰使司，洪武初属湖广承宣布政使司，后因思州、思南相互仇杀，于永乐十一年(1413)将其地分为八府四州，设立贵州承宣布政使司。其境内仅有贵州宣慰司，多设土府州县、巡检司等文职官吏。

其五，西番即吐蕃地区，蒙元时在河州置吐蕃宣慰司都元帅府。洪武初，遣人招渝，又令各族举旧有官职者至京，授以国师及都指挥、宣慰使、元帅、招讨等官，俾因俗以治。自是番僧有封灌顶国师及赞善、闸化等王，大乘大宝法王者，俱给印诰，传以为信。因设宣慰使司三：朵甘宣慰使司，董卜韩胡宣慰使司，长河西鱼通宁远宣慰使司。

明代宣慰、宣抚司的分布和设置虽然有所不同，但宣慰司无论是级别及管辖地域，都大于宣抚司。在自治权方面，云南六慰及西番三慰最为独立，所采取的是羁縻政策，因此管理和控制比较宽松。在「众建以分其势」的理念下，调整宣慰司、宣抚司的设置；在「改土归流」的情况下，省并宣慰、宣抚司，都是根据当时形势做出的改变。

蒙元时期的宣慰司有三个阶段，在忽必烈中统年间创设时是「监司」机构，在忽必烈至元元年（1264年）至十五年（1278年）间为临时处理军政事务的机构，前两个阶段的宣慰司时间均不长，都带有临时性的特征。而从1278年到1367年为蒙元时期宣慰司的第三个阶段，有两种类型，第一种类型是普通宣慰司，第二种类型为边疆型宣慰司。

普通宣慰司的地理区位均置于内地行省，分治距离行省会城较远的地区，是「分道以总郡县」的转承机构。因内地已少有战事，故六道普通宜慰司职能仅为「行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省」，宣慰使不加都元帅或管军万户等军事职衔，也无军事职能。

边疆宣慰司，设于「有边陲军旅之事」的边疆地区，除了具有内地普通宣慰司的职能外，宣慰使「则兼都元帅府」或「管军万户府」者，有很强的军事职能。

在职官派遣上，内地六道普通宣慰司，「每司宣慰使三员，从二品；同知一员，从三品；副使一员，正四品，经历一员，从六品」。而西南边疆「宣慰使司都元帅府，秩从二品，使三员，同知二员，副使二员，经历二员」，可知「有边陲军旅之事」的边疆宣慰司，每司有三位宣慰使，均加「都元帅」或「管军万户」等军事职衔，其下僚属同知、副使、经历比内地普通宣慰司多配置一员，有突出军事职能，更为重视。

明代宣慰、宣抚司官员设置：「各宣慰使司：正官，宣慰使一员，同知一员，副使一员，佥事一员；首领官，经历一员，都事一员。各宣抚司：正官，宣抚使一员，同知一员，副使一员，金事一员；首领官，经历一员，知事一员」。兵部规定土官额数及品级：「宣慰使司：宣慰使一员，从三品；同知一员，正四品；副使一员，从四品；佥事一员，正五品。宣抚司：宣抚一员，从四品；同知一员，正五品；副使一员，从五品；佥事一员，正六品」显然，明代宣慰司、宣抚司官职的设置，是在参照朝廷文官及武官机构设置的基础上形成的。

宣慰使、宣抚使为长官，负责该地军民之事；同知、副使、佥事为佐贰官，也就是副职；经历、都事、知事为首领官，也就是主管衙门文案事宜。由长官、佐贰官、首领官所构成宣慰司、宣抚司衙门管理序列，分别履行各自的职能。

明代宣慰司、宣抚使虽然明确为土官之职，但朝廷要任命佐贰官协助管理，也就是说同知、副使、佥事等，有相当一部分是朝廷任命的流官。首领官的经历负责管理出纳文移，即文书的办理，知事佐之；都事则主要负责收发文书、稽查纠失和监印等事务；这些首领官也是土流参用。正因为如此，宣慰、宣抚司的长官都是少数民族首领，一般归兵部管理承袭任命之事，而佐贰官、首领官则是文职官序列，要由吏部选用。由于是土官衙门，即便是佐贰官、首领官是文职官序列，也要会同兵部共同选用，这是土官衙门管理的特色。

与蒙元时期相比，宣慰司、宣抚司的机构设置更加明朗化，不再加什么元帅、将军、管理兵马等名衔。蒙元时期宣慰、宣抚司长官是土流参用，以流官为主，明代则明确为土职、土官，但在佐贰官、首领官、教职序列采取土流参用，而且在实际政务运作过程中，流官发挥主导作用。

从名分上讲，佐贰官、首领官必须听命于长官，但明太祖最初制度设计是以正佐相互监督制为基础的，要「待首领官若今之参谋」。按照政务流程，长官将应办的政务与佐贰官、首领官等商议妥当，再由首领官、佐贰官、长官的顺序逐次签字，最后下发执行，政务流程才算完成。按照这种流程，佐贰官、首领官在土官衙门所发挥的作用，就不能够小觑，此前研究土官或土司制度者对此多有忽略。这些流官作为朝廷派遣官员，是明朝在少数民族地区的代表，因而各宣慰、宣抚长官并不敢轻视。另外，各宣慰、宣抚长官多为少数民族头目或酋长，并不通晓汉语和汉字，这些朝廷派来的流官自然而然就担任了执笔文书的职能，随时将这些土官的一举一动上报给朝廷，实际上也起到了一定的监视作用。

西南边疆宣慰司具有军事招讨和管控西南少数民族的重要职能。

大理宣慰司是蒙元在南方最早设置的宣慰司，其设置和发展就体现出军政管控性。1253年忽必烈灭大理国后，留大将兀良合台戍守，「与段氏同安辑大理，遂班师」，1262年为侵略中国宋朝，蒙元于北方置十路宣慰司，仅在南方设大理宣慰司，负责「继征白夷等蛮」的军事行动，一度成为统领云南西部军政的最高机构。随后「至元改元，罢宣慰司」，忽必烈罢去北方十路宣慰司，唯独保存了大理宣慰司，以蒙古军事重臣都元帅宝合丁和行政重臣王傅阔阔带共任大理等处宣慰使。

1278年云南行省建立，大理宣慰司管控范围和军政事务日益繁重，赛典赤长子「纳速剌丁，累官中奉大夫、云南[诸]路宣慰使都元帅。至元十六年，迁帅大理，以军抵金齿、蒲、骠、曲蜡、缅国，招安夷寨三百，籍户十二万二百，定租赋，置邮传，立卫兵，归以驯象十二入贡」。说明大理宣慰司改大理宣慰司都元帅府，以蒙古重臣纳速剌丁调任大理宣慰使都元帅。1281年，原大理国王段氏「信苴日与其子阿庆复入觐，帝嘉其忠勒，进大理威楚金齿等处宜慰使、都元帅」，其后「子阿庆袭爵，累授镇国上将军，大理金齿等处宣慰使都元帅，佩金虎符」，说明大理金齿等处宣慰司都元帅府军政管控范围遍及整个滇西边疆，大理宣慰司的三个宣慰使均兼都元帅军衔，其中两个宣慰使由蒙古重臣担任，一个由大理国王后裔担任，既为军政统管，又是蒙古人与土人并治西南边疆的机构，这一格局延至元末。

分析云南大理金齿宣慰司都元帅府，足见大理金齿等处宣慰司都元帅府就是蒙古重臣与云南土官共同管控云南边疆的军政管控机构，不宜简单地理解为单纯的土官管理机构，其边疆军政管控性特点不容忽略。

西南边疆各宣慰司均具有军政管控特点，负责平定和招讨尚未归附的少数民族。西南地区是少数民族聚居区，唐宋时期「西南诸蛮夷，重山复岭」。唐宋采用「树起酋长，使自镇抚」的羁縻政策，设置了大量的羁縻州县，任其「蛮酋分据其地，自署为刺史」。蒙元对其采取了「降诏招集」政策，凡平定或降服处，则立宣慰司都元帅府管控。

如蒙元平定今遵义地区后，以行播州军民安抚使杨汉英为绍庆珍州南平等处沿边宣慰使，建立「播州绍庆珍州南平等处沿边宣慰司兼管军万户府」，简称「沿边溪洞宣慰使司」，继续招讨溪洞民族群落，1310年「独山州土官蒙天童款附」，又招降「下都云等一千九百余寨，平伐生苗主只王等不在其数」，以及「平坝三间地酋长罗朱备、桑根地砦主芦桑吴得斛」等酋长、砦主。

八番顺元宣慰司都元帅府是在平定和招讨今贵州中西部少数民族后设置的重要军政管控机构。

元军招降西南八番后，「朝廷立八番宣慰使司，司官赴镇」，初以蒙古重臣塔海为宣慰使，一体管控「西南番三百一十五寨，大龙番三百六十寨」。其后为加强八番宣慰司的军政统领权，升八番宣慰司为宣慰司都元帅府，再改「八番顺元宣慰司都元帅府」，是全面负责招降和管控今贵州地区的八番、亦奚不薛、罗氏诸鬼国的最高军政统领机构。

湖广行省广西两江道宣慰司都元帅府，主要职责是招讨和镇抚广西当地民族群落。

该地区少数民族的反叛持续不断，该宣慰司都元帅府代的军事招讨行动贯彻整个蒙元时期，如，1292年，上思州黄圣许反，聚二万人，断道路，结援交趾，借兵攻邕州。1294年，同知两江宣慰司事杨兀香台负责招讨镇抚平定之。此后，1307年，左江来安路总管洞兵万户岑雄起义反元，1320年来安总管岑世兴反元，1321年太平路赵郎陈反元等，蒙元均依靠广西两江宣慰司都元帅府镇压。

云南行省罗罗斯少数民族地区，位于连云南，控西番，稳四川的军事战略要地，蒙元「特置大帅，安集招怀，以捍外侮」，所谓「特置大帅」就是蒙元设置罗罗斯宣慰司管军万户府，成为蒙元招抚怀集西南少数民族的军事重镇。

再如云南行省临安广西元江等处宣慰司兼管军万户府，1278年云南行省建立，但元江诸部叛服不常，云南行省只能「遥立元江府以羁案之」。由于蒙元在元江地区没有强大的军政统领机构，当地部落反复叛乱，云南行省只能临时派兵招捕，难以长治久安。为了改变这种状况，1329年蒙元决定「云南行省立元江等处宣慰司」，蒙元在取得征讨八百媳妇国胜利后，为建立云南南部的军政统辖关系，于1331年五月，置临安元江等处宣慰司兼管军万户府，统辖临安路、广西路、元江路和「金齿白夷诸部」的斡泥路（今云南红河县、元阳县地区）、徹里路（今云南西双版纳等地区）及其十余部落的军政。

蒙元西南边疆宣慰司的军政管控下，还形成对少数民族的多种管理体制：

湖广行省的「沿边溪洞宣慰司」和「八番顺元宣慰司」两宣慰司，《元史·地理志》按宣慰司都元帅府—安抚司——蛮夷官体系加以记载。顾祖禹《读史方舆纪要》也说蒙元时期「安抚司十五，皆在湖广境内」。

湖广行省的15安抚司为庆远南丹溪洞等处军民安抚司、罗番遏蛮军安抚司、程番武盛军安抚司、金石番太平军安抚司、卧龙番南宁州安抚司、小龙番静蛮军安抚司、大龙番应天府安抚司、洪番永盛军安抚司、方番河中府安抚司、卢番静海军安抚司、顺元等路军民安抚司、新添葛蛮安抚司、播州军民安抚司、思州军民安抚司、乾宁军民安抚司，分别由八番顺元宣慰司都元帅府和沿边溪洞宣慰司管辖。

安抚司作为蒙元时期在溪洞民族地区的特殊政区，安抚司直接统领数量众多的「蛮夷官」或蛮夷长官。如《元史·地理志》湖广行省的「沿边溪洞宣慰司」条下记载：播州军民安抚司、新添葛蛮安抚司及其各所属「平溪上塘罗骆家等处」164处蛮夷官，反映出蒙元的「沿边溪洞宣慰司」在南宋播州、珍州和绍庆府地域范围内招讨溪洞群落，使其归附后，设「沿边溪洞宣慰司」领播州军民安抚司、新添葛蛮安抚司两安抚司，在安抚司下领以归附的溪洞蛮夷群落为基础任命的蛮夷官或蛮夷长官，元初为36个，元末归附溪洞群落增加，形成164个蛮夷官，正说明「沿边溪洞宣慰司」以招讨溪洞蛮夷为主要职责，随着对溪洞群落的归附，「沿边溪洞宣慰司」领属安抚司及其下属的蛮夷官成倍增加。

宣慰司都元帅府一安抚司一蛮夷官体系还突出表现在八番顺元宣慰司辖境。蒙元因八番地区（今贵州中部）「番族甚多，八番设安抚司」，归八番顺元宣慰所都元帅府节制。《元史·地理志》记载该区情况，第一句话乃「八番顺元蛮夷官」，接着叙述了蒙元对八番地区10大部落招抚归附乃设置了10个安抚司：罗番遏蛮军安抚司、程番武盛军安抚司、金石番太平军安抚司、卧龙番南宁州安抚司、小龙番静蛮军安抚司、大龙番应天府安抚司、洪番永盛军安抚司、方番河中府安抚司、卢番静海军安抚司、顺元等路军民安抚司，其下管理300个蛮夷官或蛮夷长官。

又《大元混一方舆胜览·卷下·湖广等处行中书省》分列「八番顺元等处宣慰司」和「八番罗甸宣慰司」两目，各目之下所记区域含混不明，例如「八番顺元等处宜慰司」下仅记载「蛮夷军民长官：都云桑林独力等处、芦山、木瓜犵狫、水东、方番、韦番、龙里、罗番」8个，又记「军民长官：甕城都桑等处、落葛谷鹅落桥等处、都镇麻乃等处、昔不梁骆杯密纳等处、农耸古平等处、乾溪吴池等处、落重当等处、平候等处、独禄等处、三陂等处、地蓬等处、罗日和等处、麦傲等处、都云洞、小葛龙落邦到骆豆虎等处」15个。而在「八番罗甸宣慰司」之下记载了「罗番葛蛮军安抚司、程番武盛军安抚司、卧龙番南宁州安抚司、金石番太平军安抚司、小龙番静蛮军安抚司、洪番永盛军安抚司、方番河中府安抚司、卢番静海军安抚司、葛蛮安抚司、大龙番应天府安抚司」等八番地区的主要安抚司10个。

又记「安庆州、桑州、东滦州、普州、知山州、那州、章龙州、郡州、必化州、小罗州、洪边州、龙里州」等12州和「会朝、朝宗、必祭、茶场、上桥、新安、麻峡、鸭水、甕蓬、小罗、高桥、伯汭、章龙、鸟山、华山、龙里、都云」等17县，以及「都云定云等处安抚司」所管辖的「军民官」23个，「五寨蛮夷军民官」23个；「永顺保静南渭三州安抚司」统辖的「蛮夷军民长官」18个，「南丹等处安抚司」司属蛮夷长官39个等。已然形成宣慰司—安抚司——蛮夷官层级明晰的特殊管理体制。

1277年「夏四月甲子，宋特磨道将军农士贵、知安平州李维屏、知来安州岑从毅等，以所属州县溪洞百四十七、户二十五万六千来附」，广西西部的溪洞蛮夷基本归附蒙元。

1276年，蒙元设立邕州安抚司，1277年改为邕州路总管府兼左右两江溪洞镇抚，兼管广西西部地区。但是邕州路总管府兼左右两江溪洞镇抚军政层级较低，不足以镇抚正规广西西部的沿边溪洞蛮夷地区，于是1284年邕州、宾州民黄大成等起义反元，湖南宣慰使撒里蛮率兵镇压。

1291年五月「立左右两江宣慰司都元帅府」，成为广西西部沿边溪洞地区的最高军政统治机构。1295年精简和调整地方官员，「遣使与各省官就迁调边远六品以下官。并左右两江宣慰司都元帅府、宣抚司，为广西两江道宣慰司都元帅府，以靖[静]江为治所，仍分司邕州」。广南西路宣慰司与左右两江宣慰司都元帅府合并为「广西两江道宣慰司都元帅府」，治所在静江路（今广西桂林市），形成左、右江各有中心的分治体系。

蒙元时期云南行政区划体制与内地各行省基本一致，为行省—路—府—州一县多层政区制，《元史·地理志·云南行省》开篇即说：「云南诸路行中书省，为路三十七、府二，属府三，属州五十四，属县四十七。其余甸寨军民等府不在此数。」说明云南行省的行政区划体制与内地各行省基本一致。

同时，云南行省除腹里地区为「云南诸路道肃政廉访司」管辖外，其他地区均为宣慰司军政管控，所以，云南行省的宣慰司仅具有一个片区的军政统筹管控权，而不是行政区划单位，故而云南行省的各路、府、州、县由行省分层级进行行政管理，而各宣慰司则偏重于军事管控，因此《元史·地理志四·云南行省》是分路记载，与内地行省完全一致。

设置宣慰司的则路加宣慰司并立，如「曲靖等路宣慰司军民万户府」，明确路在军政上所属宣慰司，如普定路，隶曲靖宣慰司；邛部州，属罗罗斯宜慰司；柏兴府，隶罗罗斯宣慰司等等。记宣慰司时，则明确其所领属的路、府、州政区，如「大理金齿等处宣慰司都元帅府。…领司一、县一、府二、州五。府领一县，州领二县」等等，说明云南行省有完整的行政区划体系，而宣慰司都元帅府或管军万户府主要职能在于军事镇戍控制。

明代宣慰、宣抚司的制度构建，看上去只是与流官不同，管理方式也有区别，但其中的寓意却是很深刻的。正如明太祖所讲：「蛮夷之人，其性无常，不可以中国治之，但羁摩之足矣」（洪武二十六年冬十月庚戌）在他看来，「蛮夷向化，其心固善，怀柔之道，要不失其本性耳」（洪武二十七年七月乙卯条）在恩威并济的前提下，「如各夷自作不靖，仇杀地方，在两广则行鹏剿之法，云贵则行挟抚之法，但各使夷息争安业则已，果属结党构乱政，劫城池狱库，杀虏人众，方许请兵大征」（嘉靖十三年十一月甲子条）其实这种恩威并济在宣慰、宣抚司的制度构建中已经体现出来，总的原则是维护地方稳定。

宣慰司、宣抚司作为明代在少数民族地区的特殊制度，两者的相同之处，就在于虽然不同于内地主流地区的基本制度，但是二者仍然不能脱离当时中央与地方关系管理模式。明朝基于社会因素的特殊性，在制度上做出的特殊设计，就是因俗而治，任用土官，「以夷制夷」。在这种制度设计之下，宣慰司、宣抚司作为军政合一的地方机构，对各自的领地拥有较大的权限，在行政事务上对各自所在的承宣布政使司及都指挥使司负责；在军事事务上，宣慰司、宣抚司都拥有训练有素的土兵，除了负责保护本土安全之外，还能够听从朝廷的调遣，外出进行作战。

宣慰、宣抚，仅一字之差，这个差别，可从名称、隶属关系、地理分布特点方面进行比较分析。首先，从字义来看。「慰」有安慰、慰抚、定居、止息、问、愤怒、郁闷、宽厚、通「蔚」等8种意思；「抚」有抚摩、用手按住、拍、轻击、拨弹、弹奏、握持、据有、占有、依凭、顺应、依循、拾、收敛、存恤、抚育、爱护、治理、抵临、巡、古代官名、抵补、弥补、通「憮」、掩、覆；也读为「mo」,有仿效、临摹的意思。从字义上看，二者还是有一定区别的。「慰」的强制因素少，因为是用心；「抚」则有一定的强制因素，因为是用手。一个用心，一个用手，明确了两个职官的不同。

其次，从隶属关系来看。宣慰司既是布政司下一级地方行政机构，也是都指挥使司下与卫大致相当的一级地方军政机构，大致相当于府或卫，但是从其官员品级来看，宣慰使为从三品，而府最高长官知府则为正四品，卫指挥使是正三品，也就是说，宣慰使品级高于知府，低于卫指挥使；宣抚司为府下一级地方行政机构，有些也是指挥使下与所大致相当的一级地方军政机构，大致相当于州，而高于所，宣抚使为从四品，而州最高长官知州则为从五品，所千户为正五品。蒙元时期宣慰司、宣抚司参用土人为官，其级别没有什么意义，而明代宣慰、宣抚司正式成为了设立于少数民族地区的土官机构，其级别的意义就重大了。有意提高土官的品级，显示出朝廷善待土官的意图，是示之以恩，而加强对他们的管理，则示之以威，这是恩威并济政策的体现。

再次，从宣慰司、宣抚司的上下级隶属关系来看：宣慰司品级要高于宣抚司，但是二者不是垂直的上下级领导关系。宣慰司、宣抚司在行政方面，都直接隶属于该地最高行政机构一承宣布政使司，而宣慰司、宣抚司之间互不统属；在军事方面，宣慰使司直接接受该地最高军事机构一都指挥使司或行都指挥使司的管辖，而宣抚司则隶属于都指挥使司下一级军事机构一卫，是间接受都指挥使司的领导。由此可见，宣慰司较宣抚司有更大的军事自主权力，受到的钳制也少；而宣抚司在卫的管制下，其军事自主权力少，受到的钳制则多。

最后，从宣慰司、宣抚司的地理分布特点来看，宣慰司多设置于实力较为强大的土司，或者是较为偏远的地区；宣抚司多设置于实力较为薄弱的土司，或者是明朝易于控制的内地地区。从这一点也可以看出，明朝与宣慰、宣抚司的关系，以及对待不同土司的不同策略。明朝往往在控制力较弱的地区设置宣慰司以拉拢安抚之，而在控制力较强的地区多设置宣抚司以钳制管理之。

宣慰司、宣抚司的设置不同，也反映了明朝与少数民族地区的实力对比。宣慰司的实力相对较强，明朝对其控制力也要弱一些，因此在双方进行博弈的时候，往往视各自的实力而转移，实力弱则控制不断加强，实力强则控制不断减弱。宣抚司的实力相对较弱，所控制的区域也小，比较容易控制，改置、分设则没有什么阻力。

明朝在少数民族地区设置宣慰、宣抚等土司机构，并且任用少数民族部落首领或者酋长为最高长官，主要理念就是恩威并济，具体实施过程中则是「以夷制夷」。「以夷制夷」应该有两层含义：其一是因少数民族「蛮性未驯」，而流官又「不谙其俗」，故任用土酋为官，以确保对土民的治理，维护边境的稳定；其二是利用和周旋于少数民族各部落之间的复杂关系和矛盾斗争，不断削弱土司的实力，以期「鹬蚌相争，渔翁得利」，确保皇朝在少数民族地区的统治地位。

这种「以夷制夷」的治理策略，尊重了少数民族风俗习惯，土人土治，实际上是一种因俗而治。这种因俗而治的制度设计，不同于以往的羁縻制度，其目的除了保证朝廷所希望的「相安无事」之外，还要将少数民族地区纳入到中央集权体系的监管之下，建立一种能够由朝廷控制的因俗而治制度。

首先，流官参治。土流并治在蒙元时期时就已经是少数民族治理的常态，但对土官参治没有固定的限制，小到县级政权，大到行省，都可以任用少数民族为官，甚至可以担任行省的平章政事、左右丞等高级职官。明代对土官的级别做了明确的限制，不得担任该地区最高级行政及军事长官。在少数民族地区专门建立土府州县、土司和卫所等机构，由土官担任长官。在这些土官机构中，明朝往往会安置流官为辅佐，其名义是佐贰官或首领官。这些佐贰官或首领官虽然品级低下，其职能也仅限于管理土司内部事务，主要掌管文书，或者是负责礼仪教化，但宣慰、宣抚各土司并不敢轻视之，特别是「云贵土官各随流官行礼，禀受法令」。

一方面，宣慰、宣抚等司长官崇尚儒教，对这些深谙儒家文化的流官自然奉若神明，而教职主管教育当地酋长与首领的子弟，起到移风易俗的作用；另一方面，这些流官为朝廷命官，虽无实权，但也是朝廷委派官员，代表朝廷监视地方的一举一动，随时向中央汇报宣慰、宣抚司的行踪，对他们的行为也起到一定的监督和制约作用。

其次，行省兼管。明朝取消了行省制度，建立承宣布政使司、都指挥使司、提刑按察使司，分别负责地方的行政、军事和监察职能。「明初制定的疆土管理体制分为两大系统，一是属于行政系统的六部一布政使司（直隶府州）一府（直隶布政司的州）一县（府属州）构成；二是属于军事管理系统的五军都督府一都指挥使司（行都指挥使司，直隶都督府下的卫）一卫（直隶都指挥使司下的守御千户所）一千户所构成。」

明代中叶以后，三司之外又设总督、巡抚，凌驾于三司之上。巡抚负责一省的军事、行政、财政、司法、监察等事务。总督则负责调度兵马，也兼理粮饷，对都指挥使司以下的军事机构有一定的军法处置权。明朝从行政、军事、监管三方面对行省权力进行了分割，又设督抚加以严格监管，形成了督抚三司制的地方管理模式，而少数民族地区也在这种层层监管体系之内。

宣慰司、宣抚司作为明朝在少数民族地区设立的自治机构，有一定的自主权，但是其行政、军事和司法又处于该地区三司及后来督抚、镇守总兵的严格监管之下，在一定程度上实现了对土司的有效管理。

再次，朝廷管制。土司制度乃是明朝与少数民族部落首领或酋长进行利益博弈的结果，迫于明朝大兵压境的形势，少数民族地区纷纷归附。身为少数民族首领，为了不受战火侵扰，接受了明朝的统治。明朝则通过恩赐，在笼络少数民族首领的同时，力图实现有效管理，以求地区的稳定，乃是双嬴的策略。基于治理，赋予土司一些权利，但也明确他们的义务，因此从品级到禄米，从朝贡到参与地方事务，都必须接受朝廷管制。

此外，宣慰司、宣抚司长官的袭替必须要经过朝廷的任命，朝廷的认可则决定了宣慰、宣抚等司官员是否具有「合法性」，是朝廷在土司地区影响力和控制力的体现。宣慰、宣抚司官员的袭替，必须符合朝廷规定的继承顺序，通过兵变或者入侵而获取首领者，并不能获得朝廷的认可，在朝廷或者都指挥使司的调节下，不但要除去首领之名，还要归还侵占的土地。

如永乐年间，缅甸宣慰使那罗塔，趁孟养宣慰使刀木旦与戛里相互争斗，袭击并杀害刀木旦及其长子，占领孟养宣慰司的领地。明朝下旨命张洪等人谴责之，「那罗塔惧，归其境土，而遣人诣阙谢罪」嘉靖年间，因云南地区各土司之间屡次杀戮，继而朝廷规定：「凡土官终身之日，子孙告替赴部者，若查册内有借仇杀者，即行停袭」，因此这种朝廷任命的程序，在一定程度上约束了宣慰、宣抚司官员的行为。

宣慰司、宣抚等司还要随时服从朝廷征调，定期对朝廷进行朝觐纳贡。宣慰司、宣抚等司带领的土兵要听从朝廷的调拨。土兵被明朝征调作战有数十次，足迹北至朝鲜、辽东，南达东南沿海，东至河南，西达川西，覆盖面很广。

如明代宗景泰七年(1456)，酉阳土司率千余人随讨广西蒙能叛乱。明武宗正德五年(1510)，「方四、曹甫、蓝廷瑞、鄂本恕等躏四川」。明朝于正德五年(1510)以林俊为总督，并征调酉阳、石砫土兵从征。

再如嘉靖三十四年(1555年)四月，倭寇进犯「江北淮、扬诸处」，其中「三丈浦倭贼分略常熟、江阴村镇，兵备任环督保靖土兵及知县王秩统兵三千攻其巢，破之」。

又如明神宗万历二十五年(1597)总督邢玠议远调川东施州卫八司，酉阳、石砫土司，邑梅、平茶二长官司，湖广永顺、保靖土司兵一万名，不足再于叙马泸道属土司土妇奢世续下选补，最终征调的土兵有12000人参加万历朝鲜战争。万历二十七年(1599)和万历二十八年(1600)石砫土司从征杨应龙。万历四十七年(1619)，面对后金军队攻势，辽东经略熊廷弼征调西南土兵赴辽东作战，其中有「酉阳宣抚司兵四千，须冉跃龙亲领，而统之缘事参将周敦吉；石砫宣抚司兵三千，须秦氏子马祥麟及其兄秦邦屏亲领，而统之以见任参将童仲揆」

宣慰司、宣抚等司的土兵要受到朝廷的节制，虽不在朝廷正规军备之列，但是朝廷可以调发，而一些宣慰司、宣抚也时常主动请缨以表忠诚。如天启元年(1621年)，永宁宣抚使奢崇明及其子奢寅反叛，杀巡抚据重庆，石砫宣抚使秦良玉主动派土兵支援明军，「官军与平茶、酉阳、石砫三土司合围重庆」最终奢崇明兵败逃走，收复重庆。

征调土兵能够在一定程度上节约明朝的财政开支。募兵作为雇佣兵，政府需要向士兵提供安家银，一般在五两左右。这对于政府而言，是一笔较大的军事开支。明神宗万历四十七年(1619)，户部江西司员外杨嗣昌针对朝廷试图征调包括酉阳、石砫土司在内的四万名土兵的之议，提出反对意见。其中言道「土兵四万，取足六司，计程凡数月之遥，安家无一钱之例」。由此可见，朝廷征调土兵一般不支付土兵安家银两，渝东南土司自然亦不例外。明思宗崇祯年间，永平四城失守，秦良玉率军北上勤王，朝廷「念其万里入援」，特别给发石砫土兵安家银，但是与官兵每人四两的标准相比，「石砫土兵量给一半」「每兵给安家银二两」。在此次征调过程中，明朝除了「开恩」给发安家银以外，为鼓土兵士气，「念其（石砫土司）兵属土司，原无月粮，故将行月合而为一，每日题给五分」。可见在此之前，土兵参与军事活动时，朝廷也不会发给月粮。与其他官兵相比，征调土兵作战，朝廷一般都能省下至少一半的开支。

除了服从朝廷征调，还要定期向朝廷纳贡觐见，不仅要向明廷进贡一定数量的马匹、粮食、茶叶、金银器等，还要遵守明廷制定的觐见礼仪，不得越制。未能如期、如数朝贡者，要受到惩罚。

由于西南西北土地贫瘠，又常年动乱，粮食经常不能定期交付，而且路途遥远，又多险阻，所贡马匹还未到达京城，多已大半病死于途中，也常常成为土司们的沉重负担。

总之，宣慰、宣抚司的设置，是明朝在少数民族地区实行的一种特殊制度，任用土官，因俗而治，授予土官以很大的权力，有一定的民族自治色彩。宣慰司、宣抚司也是明朝中央集权的产物，在中央与地方关系体系中，与其他行政区划一样，也受到层层制约，因此宣慰司、宣抚司在实际上仅是明朝的特别行政区划，虽然实行特别管理，但不是独立的政权。可以说宣慰司、宣抚司的设置是因俗而治，可以引申为民族自治，但不能够脱离明朝管理体制。