1525年，西班牙探险家 霍弗雷·德·洛亚伊萨第一个发现了加耶戈斯河，当时河流被命名为圣伊德尔方索河。1535年，西蒙·德·阿尔卡萨瓦第一个将这条河流命名为加耶戈斯河。但直到很晚这片土地才有人来居住，根据文献记载1885年这里出现了第一批定居者，当时阿根廷政府希望加强它对巴塔哥尼亚南部地区的影响，在加耶戈斯河入海口修建了一个海军基地，城市就由这个海军基地发展起来。在1912-1920年间，阿根廷政府鼓励来自福克兰群岛（阿根廷称为马尔维纳斯群岛）和智利南部的移民去开垦这片肥沃的土地，这一时期3,000 名移民来到这里，使城市逐渐繁荣起来。而随着养羊业的发展，城市逐渐成为了阿根廷最重要的绵羊和羊毛输出港。在拓荒者博物馆中，还保存着最初来到这座城市的移民们居住的简陋的木屋。1888年，当时圣克鲁斯地区的总督拉蒙·利斯塔决定将圣克鲁斯地区的首府从圣克鲁斯港搬到里奥加耶戈斯，1904年5月19日，这个申请得到了阿根廷政府的批准，在1957年，圣克鲁斯地区的行政单位变为省，马里奥·卡斯图洛·帕拉德洛成为圣克鲁斯省第一位省长。而在1982年的马岛战争中，里奥加耶戈斯机场成为阿根廷空军幻影III战斗机和A-4道格拉斯空中之鹰战斗机的基地。在 2003-2007年担任阿根廷总统的内斯托·基什内尔（内斯托尔·卡洛斯·基什内尔），曾于1987-1991年间担任过里奥加耶戈斯市市长。如今，里奥加耶戈斯已经成为阿根廷最南部领土的重要城市，有军事基地和国际机场设置在这里。每月，往返于智利和福克兰的英军愉悦峰空军基地的飞机把里奥加耶戈斯作为中转站。