晚清时期中国边疆民族中央管理机构的最大变化，是理藩院改称理藩部。光绪三十二年七月十三日（公元1906年9月1日），在内外交困中，光绪帝奉慈禧懿旨宣示预备立宪，先行厘定官制谕，企图通过立宪改革以自救。除理藩院原有职掌外，凡外藩之移民、开垦，练兵。兴学诸事皆归其受理。设尚书，左右侍郎各一人，综理部务。设领办处为公务总汇之所。内部机构除原有的旗籍、典属、王会、柔远、徕远、理刑六司外，增设殖产，边卫二司，另有司务厅。宣统二年（公元1910年）又增设宪政筹备处。