与此同时，奥托·弗朗茨还卷入了许多丑闻，包括在维也纳萨谢酒店的一间私人餐厅里，当着一位来访的英国贵妇的面，裸体从窗户跳下；以及在同一家酒店的走廊里，他被发现只穿了一把剑，正要进入一位女士的房间。宫廷逐渐疏远了奥托·弗朗茨，他的妻子玛丽亚·约瑟法也是如此。

到1900年，玛丽亚·约瑟法的丈夫奥托·弗朗茨显然已经感染了性传播疾病梅毒。他退出了公众生活，在埃及待了一年，病情暂时好转。回到奥地利后，奥托·弗朗茨病得很重。在生命的最后两年里，他饱受病痛折磨，由于梅毒导致面部畸形，他不得不用橡胶假体代替鼻子。在生命的最后几个月里，奥托·弗朗茨住在维也纳韦林区的一栋别墅里，由他最后的情妇路易丝·鲁滨逊和他的继母，也就是他父亲的第三任妻子、布拉干萨的玛丽亚·特蕾莎公主照顾。1906年11月1日，奥托·弗朗茨大公去世，享年41岁。他被安葬在奥地利维也纳卡普钦教堂的皇家墓穴中。丈夫去世后，玛丽亚·约瑟法没有再婚。德裔奥地利舞台剧和电影演员奥托·特雷斯勒是她的好友，玛丽亚·约瑟法和奥托可能有过一段恋情。

1911年10月21日，玛丽亚·约瑟法的儿子卡尔大公与波旁-帕尔马的齐塔公主在齐塔家族的奥地利住所施瓦绍城堡举行了婚礼，齐塔是被废黜的帕尔马公爵罗伯托一世与其第二任妻子布拉干萨的玛丽亚·安东尼娅公主的女儿。

玛丽亚·约瑟法的大伯子弗朗茨·斐迪南大公是奥地利王位的继承人，直到他于1914年6月28日遇刺身亡。由于贵庶通婚所生的子女没有继承权，在弗朗茨·斐迪南大公去世后，玛丽亚·约瑟法的儿子卡尔大公成为奥地利王位的继承人。1916年，弗朗茨·约瑟夫一世皇帝驾崩，卡尔继位，成为奥地利皇帝卡尔一世。卡尔在位至1918年第一次世界大战结束时君主制被废除。

1919年3月23日，卡尔和包括母亲玛丽亚·约瑟法在内的家人前往瑞士。1919年4月3日，奥地利议会通过了《哈布斯堡法》，禁止卡尔或他的妻子齐塔返回奥地利。该法还禁止其他哈布斯堡家族成员返回奥地利，除非他们放弃所有要求继承王位的意图，并接受作为普通公民生活的条件。1921年，卡尔两次返回匈牙利，试图夺回匈牙利王位。第二次尝试后，协约国理事会决定将卡尔及其家人流放到葡萄牙的马德拉岛。1922年3月，卡尔患了感冒，后来发展成支气管炎，并进一步发展成肺炎。在经历了两次心脏病发作和呼吸衰竭后，卡尔于1922年4月1日去世，享年34岁。根据《哈布斯堡法》，卡尔不能被安葬在奥地利维也纳的皇家墓穴中。他被安葬在葡萄牙马德拉岛的圣母山教堂。

卡尔和他的家人被流放到葡萄牙的马德拉岛后，玛丽亚·约瑟法定居在德国巴伐利亚，住在慕尼黑附近的盖塞尔加斯特。第二次世界大战期间，由于盟军的轰炸，玛丽亚·约瑟法搬到了德国巴伐利亚州基姆高的威登瓦特城堡。这座城堡属于前巴伐利亚王室，玛丽亚·约瑟法与希尔德加德公主和赫尔姆特鲁德公主住在这里，她们是巴伐利亚末代国王路德维希三世的两个未婚女儿。1944年5月28日，玛丽亚·约瑟法在威登瓦特城堡去世，享年76岁，并被允许安葬在维也纳卡普钦教堂皇家墓穴的新墓穴中，与她的丈夫合葬。