樊继祖，山东郓城人。初任临颖(今河南省)知县，因御寇有功，提升为御史。奉命勘查庄田，清出被侵占民田2万余顷，权贵为之敛迹。又做河南副使、江西参政。在大同兵变时，任兵部左佥都御史，前往平叛。樊继祖擒其首恶，叛乱遂平，嘉靖16年（1537年）升兵部左侍郎，嘉靖19年（1540年）升兵部尚书。嘉靖22年（1543年），改工部尚书兼都察院右副都御史，封太子少保。在朝居官40余年，后辞官返乡，卒于嘉靖37年（1558年）9月5日，享年78岁。著有《双岩奏疏》、 《十友传》、《山海纪程》、《金丹集》等，流传于世。

正德十一年（1516年），因御寇有功，召为山西道监察御史，迁福建御史。不畏权势，直言敢谏，正德皇帝朱厚照不务正业，喜好游猎，继祖数次上疏或联名上疏劝皇帝罢游。在任监察御史期间，奉旨赴陕西洮州、河州、西宁、甘肃巡茶马，明令官茶贮边易马，严禁私商染指，数次上疏提出祛宿弊振茶马之法。 嘉靖二年（1523年），与兵科给事中夏言等奉命勘查庄田，清出被侵占民田2万余顷，全部退还其主，权贵为之敛迹。嘉靖五年（1526年），历官河南按察副使、河南布政右参政，迁江西布政左参政（正四品）。嘉靖十二年（1533年）十月，大同兵叛，叛军杀死总兵李瑾，山西总督刘源清率军围困数月攻克不下，朝廷命樊继祖以都察院左佥都御史巡抚大同，前往平叛。继祖联合城内户部督饷郎中詹荣、都指挥纪振、镇抚王宁、游击戴廉等为内应，擒其恶首九人，“城中乃大定”，叛乱遂平。 嘉靖十四年（1535年），晋升为都察院右副都御史。嘉靖十六年（1537年）五月，任兵部左侍郎，提督蓟州、山海等处军务，成为身负重任的封疆大吏。世宗敕谕：“今特命尔总督蓟州、山海等处军务，随意往来调度，各该将官悉听节制，……朝廷以尔素有才望，故兹简命，尔宜殚竭心力，务使兵威大振北虏……。嘉靖十七年十一月，奉敕总督营建昌平沙河行宫。