康熙元年（公元1662年）清廷改宁古塔昂邦章京为镇守宁古塔等处将军（简称宁古塔将军），巴海为首任将军。康熙十年（公元1671年）为了加强吉林地区的防御力量， 移副都统一人驻吉林，这是清王朝在今吉林设立行政长官的开始。康熙十二年（公元1673年），吉林开始建城。由于这里自明清以来就是水上交通枢纽，为盛京和黑龙江之间的要冲，可直达抗俄斗争的最前线，又是女真族部落的旧地，土地肥沃，农业发达，是抗俄的军粮供给基地，而吉林船厂又是制造抗俄船只的基地。因此， 康熙十五年（公元1676年），镇守宁古塔等处将军移住吉林乌拉，仍称宁古塔将军，留副都统一人镇守宁古塔。并在这一年，“徒直隶各省流人数千户居此，修造战舰四十余艏，双帆楼橹，与京口战船相类，又有江船数十，亦具帆樯，日习水战，以备老羌（沙俄）”。从此以后，吉林乌拉成为宁古塔将军的统治中心，逐渐发展成为政治、经济、军事的重镇.

康熙帝对巴海将军很器重，康熙召见巴海，当圣主问起宁古塔及瓦尔喀，虎尔哈人民风俗等情况时，“（巴海）奏对甚晰，圣主嘉之曰：‘朕想闻尔贤能，今益知尔矣。’”并喻旨巴海：“费尔喀、赫哲虽服，冉其性暴疠。当广布教化，多放驯迪。俄罗斯尤当加意防备。”巴海尊旨，十分注重边境部落的教化和安抚。开初，边境有墨尔哲氏累世输贡，巴海“因宣上德招之”，其长扎尔喀、布克托等愿率众内迁，于是请安置在宁古塔附近，设佐领四十，以扎尔喀、布克托及诸族属任之，分辖其众。由于巴海招抚边民，整顿边防有功，圣祖“特赠黑狐裘，貂朝衣各一袭”，以奖励之.

康熙十七年（公元1678年），圣祖特召吏，“宁古塔将军巴海，委任以来，弹压严疆，展布伟略，实心任事，筹化周详，尤为称职。优赏一等轻车都尉，世袭罔替”。

康熙二十一年（公元1682年），康熙东巡，驻吉林，放船松花江，检阅水师并告诫宁古塔将军巴海和副都统萨布素等：“朕幸吉林地方，访询民隐，及侦探巡逻等差，俱系军务，乃驻防官兵专责，不可宽假，应照常行。”明确指出，加强战备防务，是宁古塔官兵的神圣职责，对抗沙俄的军事准备不容松懈。巴海忠实地执行况熙皇帝的战略部署。据文献记载：“时驻守宁古塔等处将军巴海等以宁古塔战舰稍有损坏，请发木料，用资休整。工部依如所请。”康熙对此事甚为关注，派户部尚书伊桑阿带工匠到吉林乌拉大规模修造战舰。《黑龙江外记》记载：“当时黑龙江城、墨尔根、齐齐哈尔三城兵船一百二十只，皆康熙二十二年吉林乌拉送来。”使吉林乌拉成为雅克萨反击战的水运战备基地。这一切和巴海的努力是分不开的。

吉林省建置时未能称“省”，是因为清代东北地区是满族的发祥地，由八旗驻防，采取的是“军府制”。而关内中原不同，清政权在明朝政权的基础上，采用“行省制”，即建立了18个行省。受关内行省制的影响，大约这一年起，吉林将军在给清廷的文件中代称自辖区域为“吉省”，清廷各衙门给吉林的咨文中也约定俗成地称“吉省”。

吉林将军辖区，范围广阔。据《大清一统志》记载：“东滨大海，西接边墙，南峙白山，北逾黑水”。即东至大海3000余里，指北起鄂霍次克海，南至日本海的海面；西至柳条边590余里，至盛京威远堡开原界；南至长白山南图们江、鸭绿江1300余里，与朝鲜分界；北逾黑龙江至外兴安岭。康熙二十二年（公元1683年），划出黑龙江将军辖区后，宁古塔将军辖区范围大为缩小。咸丰十年（公元1860年），不平等的《中俄北京条约》签订后，乌苏里江以东40多万平方公里中国领土被沙俄割占，吉林将军辖区进一步缩减，即东至乌苏里江、松阿察河与俄罗斯分界；南至图们江、鸭绿江与朝鲜分界；西至威远堡边门辽阳界；北至松花江达黑龙江将军辖区界。在辖区内分地筑城，先后设置吉林、三姓、阿勒楚喀、伯都讷、珲春副都统镇守。光绪三十三年三月初八日（1907年4月20日），清廷决定，裁撤盛京、吉林、黑龙江将军，设置奉天、吉林、黑龙江行省。

注：吉林将军一职到光绪朝长顺将军时的全称是“钦命头品顶戴督办边防事宜镇守吉林等处将军兼理打牲乌拉拣选官员等事恩特赫巴图鲁”。

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